1965 yılında kurulan ve 1987-1988 sezonunda önemli bir performans sergileyen Samsunspor, ligin ilk dört içinde yer almasına rağmen o dönemde Avrupa kupalarına katılma fırsatını elde edemedi. Takım, sonraki yıllarda dalgalı bir dönem geçirirken, 1993-1994 sezonundan itibaren bugünkü ismi olan Süper Lig'de kesintisiz 13 sezon geçirdi. 1987-1988 sezonunda Balkan Kupası’nda yurt dışı deneyimi yaşayan Samsunspor, yer aldığı B Grubu’nu ikinci sırada tamamlayarak gruptan çıkma başarısını gösteremedi.
1993-1994 sezonunda ikinci kez katıldığı Balkan Kupası’nda Samsunspor, önce Bulgaristan’ın Pirin Blagoevgrad takımıyla karşılaştı. İlk maçta Bulgaristan’da 0-0 berabere kalan takım, Türkiye’deki karşılaşmayı 4-1 kazanarak rakibini eledi. Ardından Yunanistan’ın PAS Giannina takımına karşı mücadele eden Samsunspor, deplasmanda 3-0, sahasında ise 2-0’lık skorlarla rakibini geçerek şampiyonluğu elde etti.
Samsunspor, 1996-1997 sezonunda ligi 9. sırada tamamlayarak ilk kez UEFA Intertoto Kupası’nda mücadele etme hakkı kazandı. Intertoto Kupası’nda 6. Grup’ta yer alan takım, grupta ikinci sırada yer alarak kupadan elendi. 1997-1998 sezonunda ise ligi 5. sırada bitirerek tekrar Intertoto Kupası’na katılma hakkı kazanan Samsunspor, eleme usulü oynanan kupanın yarı finaline kadar yükselmeyi başardı. Samsun’daki 19 Mayıs Stadyumu’nda, 5 Ağustos 1998 tarihinde gerçekleşen Werder Bremen karşılaşması, Samsunspor’un son Avrupa kupası maçı olarak tarihe geçti.
Son yıllarda Samsunspor, FIFA tarafından verilen iki dönemlik transfer yasağına rağmen UEFA Avrupa Ligi’ne katılma hedefini belirledi. Sezon başlangıcında "kümede kalmayı" amaçlayan takım, bu hedefe hızlı bir şekilde ulaştı. Ligin ilerleyen kısmında elde ettiği 14 galibiyet, 4 beraberlik ve 5 mağlubiyetle toplamda 46 puan toplayarak Galatasaray ve Fenerbahçe’nin ardından üçüncü sıraya yerleşti. Bu başarı, Samsunspor'un UEFA Avrupa Ligi'ne ilk kez katılma hedefini güncellemelerine neden oldu.
Bu başarıda büyük pay sahibi olan teknik direktör Thomas Reis, Samsunspor’un başındaki 23 maçta maç başına ortalama 2 puan toplayarak kulübün tarihindeki en yüksek puan ortalamasını elde etti. Kırmızı-beyazlı takımın, ligin ilk yarısındaki performansı oldukça etkileyiciydi. Gaziantep FK, Çaykur Rizespor ve Bellona Kayserispor gibi takımları 1-0, Atakaş Hatayspor’u 3-0, RAMS Başakşehir’i 2-0, Göztepe’yi 4-3, Adana Demirspor’u 3-1, Kasımpaşa’yı 4-2, Onvo Antalyaspor’u 2-0, Sipay Bodrum FK’yi 4-0, Trabzonspor’u ise 2-1 mağlup etmeyi başardı.
Takım, Fenerbahçe ile 2-2, Corendon Alanyaspor ile 1-1, Net Global Sivaspor ile 0-0 berabere kalarak sezonu sürdürdü. Beşiktaş’a 2-0, TÜMOSAN Konyaspor’a 1-0 ve Galatasaray’a 3-2 mağlup oldu. Ligin ikinci yarısına Beşiktaş ile 0-0 berabere kalarak başlayan Samsunspor, İstanbul'dan bir puanla döndü. Sahasında Gaziantep FK’yı 2-1 yenmeyi başaran takım, en farklı yenilgisini deplasmanda RAMS Başakşehir’e 4-0’la yaşadı. Bu ağır yenilginin ardından toparlanan Samsunspor, sahasında Atakaş Hatayspor’u 2-0 ve deplasmanda TÜMOSAN Konyaspor’u 1-0 yenerek ligdeki yükselişine devam etti.
Samsunspor, oynadığı 23 maçta rakip fileleri toplamda 37 kez havalandırırken, kalesinde 23 gol gördü. Forvet oyuncusu Marius Moundilmadji, 8 golle takımın en skorer oyuncusu oldu. Kırmızı-beyazlı takımda Carlo Holse 7, Olivier Ntcham ve Soner Aydoğdu 5’er gol kaydetti. Landry Dimata 3, Rick van Drongelen ve Arbnor Muja ise 2 kez gol sevinci yaşadı. Ayrıca Youssef Bennasser, Flavien Tait, Zeki Yavru, Marc Bola ve Kingsley Schindler de birer gol atmayı başardı. Takımın en fazla gol pası veren oyuncuları arasında Emre Kılınç 6, Zeki Yavru 5, Marius Moundilmadji 4 ve Marc Bola ile Landry Dimata 3’er asist yaparak öne çıktı.
